明代的軍事體系集歷代之大成，試圖通過衛所屯田、轉變中央與地方的軍事領導體制，樹立新的指導思想，應用西方新型的軍事技術等種種方式，以確保國家的長治久安。明王朝龐大復雜的軍事體系，在長時間地運行和轉變之后，積累了愈來愈多的頑疾，成為影響明王朝滅亡的核心因素。從明朝中期開始，較為完善的軍事體系在國家內外交困的環境下愈來愈顯得弊端重重。

朱元璋

　　明代稅收不斷增加，財政支出及貪官搜刮卻有增無已，公款吃喝、送禮之風甚囂塵上。明王朝雖然極力科派與搜刮，卻沒有改善中央的財政狀況，科斂的財富不是彌于邊費，便是耗于上下的腐敗(浪費、奢侈、中飽私囊等)。明朝中后期，太倉銀庫赤字非常嚴重，各個時期赤字的數額分別為，正德時期351萬兩，嘉靖七年111萬兩，隆慶元年345萬兩。萬歷前期收支暫時平衡，萬歷后期再度虧空。三餉加派實行后，將近200。萬兩的負擔又加在了中、小土地所有者身上(萬歷九年以后天下賦稅總額本為1461萬兩)，這就使得許多人失去了衣食之源。再加上多年來累于邊晌、藩傣之供的北方諸省(宗室多封于北方)又連遭大旱，使這些地區的怨兵饑民等揭桿而起，匯成了反明大起義的滾滾洪流，明王朝也終于被這股洪流所淹沒。

　　魏忠賢

　　宦官制度的弊端也逐漸凸顯:1.宦官機構龐大。在朱元璋設立的宦官制度的基礎上從九監、二庫、六局擴展成為二十四衙門——二監、四司、八局。2.人員膨脹。從洪武時期的數百人膨脹到明末的數萬之眾。甚至有文獻說“宮女九千人，內監至十萬人”。3.宦官勢力滲透到明帝國經濟、政治的方方面面。不僅在朝廷中手握重權，隨心所欲，而且在各地更有無數守備太監、鎮守太監等。太監勢力還深入到財稅和經濟領域，掠取財富。同時，主宰東廠、西廠等特務機構殘酷迫害正義人士和普通民眾。難怪萬歷時期的大學士、首輔朱賡說:“今日政權不由內閣，盡移于司禮。”

　　崇禎皇帝

　　官僚隊伍的尸位素餐和整體腐敗。盡管明中后期也有像海瑞、戚繼光、張居正那樣以天下為己任的官員，但總體說來，早在天順時官員們就已經普遍是“不求做好人，只求做好官”，所謂“只求做好官”，并非要把官做好，而是指謀求擔任“好官職”以及與此相聯系的榮華富貴！至于國計民生，甚至自身職守，全然不計在心。嘉靖時歸有光也如此記述當時的官風：“日夜孜孜，惟恐囊槖之不厚、遷轉之不亟、交結承奉之不至；書問繁于吏牒，饋送急于官賦，拜謁勤于職守；其始羸然一書生耳，才釋褐而百物之資可立具！此何從而得之哉！”試想，這樣的統治隊伍，這樣的官風，哪里還會有民生的位置！哪里還會有國家的前途！

　　當然，之所以形成皇權和官僚隊伍整體腐敗的局面從根本上說，又是專制官僚體制自身缺乏甚至沒有自下而上的有效監督和制約機制造成的。